Med få unntak faller også hele filetindustrien i hvitfisk-sektoren og rekeindustrien utenfor ordningen. Kriteriene setter også utenfor helt sentrale aktører på videreforedling av laks og ørret.
SkatteFUNN-ordningen skal bidra til økt FoU-aktivitet i bedriftene ved at næringslivet skal kunne trekke fram Fou-kostnader på skatten.
Etter Fiskeriforsknings vurdering er kriteriene for SkatteFUNN-ordningen for 2002 slik utformet at de ikke treffer de fiskeindustribedriftene der både potensialet og behovet for å øke FoU-aktiviteten og innovasjonsaktiviteten er størst, sier forsker Bjørn Inge Bendiksen om undersøkelsen, som er utarbeidet for Fiskeridepartementet.
En analyse av fiskeindustribedriftenes sysselsetting, omsetning og kapitalforhold viser at kriteriene treffer over 80 prosent av alle bedriftene, men at disse bare står for noe over halvparten av samlet sysselsetting og under 40 prosent av samlet omsetning i fiskeindustrien. Årsakene er den store andelen småbedrifter i fiskeindustrien, der 50 prosent av bedriftene har under 10 ansatte. Det er spesielt kravene til at totalkapital og omsetningen som diskvalifiserer bedrifter fra deltakelse.