I cerealbransjen er både mengden protein og sammensetningen av forskjellige proteiner viktig for bakeegenskapene til melet. Viktige kvalitetsegenskaper i fisk- og kjøttbransjene, som filetspalting, mørhet og saftighet, er også påvirket av proteinsammensetningen og stabiliteten til proteinene under lagringsperioden. Proteinkvaliteten, og dermed sammensetningen av et måltid, er også viktig i forhold til helse. Ernæringsmessig vil proteinets kvalitet avgjøres i forhold til innholdet av essensielle aminosyrer. Animalske produkter har en høyere proteinkvalitet enn vegetabilske. Dette er det viktig å utnytte i et ernæringsperspektiv. Nofima har omfattende kompetanse på dette området.
For å forstå effekten av ulike proteiner på kvalitetsegenskaper, forsker vi på sammensetning og nedbryting av proteiner i både kjøtt-, fisk- og cerealråvarer. Proteinsammensetning og nedbryting av proteiner i ulike råvarer blir blant annet undersøkt ved hjelp av proteomanalyser; en metode for å studere hundrevis av proteiner i en råvare på en gang. I tillegg brukes biokjemiske metoder for å studere enzymaktiviteter og innholdet av spesielt viktige proteiner, mens histologiske metoder blir brukt for å studere muskel- og bindevevsstrukturer med betydning for blant annet mørhet i kjøtt og filetspalting i fisk.
I forbindelse med varmebehandling og enkelte andre prosesseringer vil mange proteiner miste sin funksjonalitet. Studier av proteiner som har betydning for råvarekvalitet undersøkes derfor ved forskjellige bearbeidingsbetingelser.
Nofima jobber også med å utvikle proteinrik mat i dietter til overvektige, og har blant annet utviklet pølser med ekstra høyt proteininnhold som gir en lengre metthetsfølelse enn normalt.