Nofima har stor fokus på å forstå tarmfloraens betydning for helse hos dyr og mennesker, samt forstå og manipulere tarmfloraen til produksjonsdyr for å minske omfanget matpatogene bakterier. Vi har samarbeidsprosjekter med både medisinske- og veterinærmiljøer der vi utfører bakteriesamfunnsanalyser i tilknytning til screeningstudier og intervensjonsstudier. I tillegg har Nofima mulighet til å utføre in-vitro fermenteringsforsøk på ulike substrater og studere effekten på tarmfloraen. Nofima jobber mye med å utvikle nye bioinformatiske- og molekylærbiologiske metoder for å studere og forstå kompleksiteten i bakteriesamfunn. Nofima jobber også med kommersialisering av disse teknikkene.
Teknikker som brukes er real-time PCR, mikromatriser og DNA sekvensering. Vi har stor fokus på prøveopparbeidelse og DNA rensing og bruker automatisk DNA rensing i prosjektene våre. Når man jobber med PCR teknikker så er det en stor utfordring å skille DNA fra levende og døde celler. Vi bruker et nukleinsyre-bindene fargestoff (ethidium monoazide) som selektivt går inn i døde bakterier med skadd membran. Fargestoffet danner en irreversibel binding til DNA som hindrer PCR på DNA fra døde bakterier.
For å analysere store prøvemengder, noe vi mener er viktig for å begynne å skjønne kompleksiteten i bakteriesamfunn, så har vi nylig utviklet en metode for direkte DNA sekvensering av bakteriesamfunn. Metoden muliggjør kvantifisering av bakterier uten behov for forkultivering i en enkel sekvensreaksjon.
Nofima jobber også med å utvikle ny metode for å klassifisere bakterier på. Metoden tar utgangspunkt i bakterienes genetiske "fingeravtrykk" og systematiserer bakteriene etter arvestoffet. Drivkraften i arbeidet er å skape et felles rammeverk for gjenkjenning av bakterier. Tanken er at forskere fra hele verden skal kunne sende prøver inn til databasen for å klassifisere bakterier. Basen skal betjene både matindustrien, det kliniske behandlingsapparatet og farmasøytisk industri.
Bestemmelse av bakteriediversitet
Ofte kan det være interessant å studere hvilke bakterier som finner i matvarer, og hvordan bakteriene varierer i produktet under lagring og etter ulik behandling. Dette kan gjøres ved bruk av forksjellige metoder, og hos Nofima brukes molekylærbiologiske "fingerprinting" teknikker som denaturerende gradient gelelektroforese (DGGE). Metodikken brukes til å studere bakterier på fersk fisk, og hvordan bakteriefloraen endrer seg over tid og ved ulike forbehandling eller lagring. Dette gir nyttig kunnskap om hygiene, emballering og prosessbetingelser for matvarer. Metoden kan brukes på alle produkter til å studere det totale bakteriesamfunnet eller til å se på enkelt bakterier eller bakteriegrupper.
