En forbedret pixel basert metode for analyse av 2 dimensjonell elektorforese geler
Proteiner separert ved dimensjonell elektorforese geler danner et komplisert bilde proteiner fremstår som mer eller mindre runde spotter. Proteiner som er relativt like mht de egenskapene man bruker for å separere proteinene etter vil kunne overlappe mer eller mindre. Det har vært vanlig å sammenligne proteinene fra en prøve til en annen ved å identifisere spottene, og sammenligne volumene. Det viser seg at dette gir store feil spesielt der det er mye overlapp, og bakgrunnsfarging som skaper problemer. En alternativ metode som ble utviklet på Matforsk 2007 (se Færgestad et al 2007) er å analysere bildene på pixel basis ved å folde bildene ut til en streng med tall slik at det blir en vanlig toveis datatabell. I denne publikasjonen som her er gjort er metoden forbedret ved at man først identifiserer de spottene på gelen som har en morfologisk form som kan identifiseres som en protein spot, og fjerne resten av bakgrunnen. Dette gir både en forbedring i analysen, og det innebærer viktig datareduksjon da en ikke behøver å ha med de områdene på gelen hvor det ikke er noen proteiner i dataanalysen.
