Vitenskapelige artikler m/referee

Challenges related to analysis of protein spot volumes from two-dimensional gel electrophoresis (2-DE) as revealed by replicate gels.

 

Utfordringer ved proteinanalyser vha gel-elektroforese (2-DE). Kvaliteten på mange næringsmidler er knyttet til hvor mye og hvilke proteiner de inneholder. Sammensetningen av proteiner er gjerne svært kompleks og effektive metoder for å kunne påvise forskjeller i proteininnholdet er derfor nødvendig ved forskning på denne typen produkter. En av de mest vanlige metodene for å kunne analyser prøver med komplekse proteinsammensetninger er to-dimensjonal gel-elektroforese (2-DE). Selv om metoden er populær har den også sine utfordringer som må tas hensyn til for å få fullt utbytte av analysen. I denne artikkelen har vi identifisert noen av disse utfordringene. Ved hjelp av parallelle analyser av to hveteprøver har vi påvist at analysen av gelene fra 2-DE ofte resulterer i ufullstendige datasett. Proteiner som er tilstede i prøvene blir ikke alltid rapportert eller de blir feilrapportert, noe som fører til problemer for videre analyse. Vi presenterer noen metoder for å redusere den negative effekten ufullstendige datasett vil ha på videre analyse.

Nøkkeldata

Årstall 2006
Abstract Assumptions that need to be considered prior to statistical analysis of protein spot volumes from two dimensional gel electrophoresis (2-DE) data are studied using replicate gels of the same sample. The most important observation is that the data tables of protein spot volumes from 2-DE images contain a large number of missing values, which are not consistent with the presence or absence of the proteins. This implies both loss of information and problems for the subsequent statistical analysis. Challenges with 2-DE protein spot volumes are viewed in light of multiple gel comparisons and multivariate data analysis.
Referanse Grove, H., Hollung, K., Uhlen, A.K., Martens, H., Færgestad, E.M. 2006. Challenges related to analysis of protein spot volumes from two-dimensional gel electrophoresis (2-DE) as revealed by replicate gels. Journal of Proteome Research, Vol 5, pp 3999-4010.
Utgiver Journal of Proteome Research,

Relaterte personer