Vitenskapelige artikler m/referee

PNM-hased analysis of multiple images for the identification changes: A novel approach applied to unravel proteome patters of 2-D electrophoresis gel images.

 

Uttrykket av proteiner i en celle på et gitt tidspunkt kan analyseres ved 2 dimensjonell elektroforese hvor proteinene er separert på en gel etter en egenskap ad gangen. Proteinene fremstår da som spotter på et bilde etter fremkalling. Deretter må dette bildet transformeres til en tabell med tall som man kan utføre beregninger på for å finne ut om det er forskjeller mellom de prøver man ønsker å få informasjon om.

I denne publikasjonen har vi utviklet en helt ny metode for å analysere proteiner ved 2 dimensjonell elektroforese der informasjonen analyseres på pixel nivå framfor ved å identifisere spot. Hvert bilde er strukket ut til en lang streng med tall. Multivariat data analyse er utført på de utfoldede dataen og resultatene er foldet tilbake til bilde for visualisering. Ved denne metoden kunne vi finne de forskjeller som ble funnet ved spot volum metode. I tillegg kunne informasjon i overlappende spot bli identifisert. Vi kunne også finne forskjeller i randsonen av proteinspot som hadde gått i metning.

Nøkkeldata

Årstall 2007
Abstract A novel approach for analysing two-dimensional electrophoresis (2-DE) gels is presented where the gel images are first aligned to ensure that each pixel represent the same information across all gels, background corrections is performed and thereafter the images are unfolded to one-dimensional pixel vectors (considered as spectra) and analysed on the pixel level. The pixel vectors are pre-processed by common tools designed for spectral data, analysed by multivariate data analysis, and the resulting information is refolded back to the two dimensional image domain for visualisation. The dominant variability of the data, as found by Principal Component Analysis, or as regression coefficients from multivariate regression analysis are refolded as gel images. The large number of pixels compared to the number of samples is taken into account when testing for significant effects of the experimental design on the level of individual pixels. Provided the gels are properly aligned prior the unfolding of the gels, this approach appear to eliminate the challenges with mismatch of protein spots and erroneous missing values which are major problems of concern for spot volume tables of 2-DE’s, and it gives a tool to analyse overlapping protein spots. Furthermore, the method is based on rapid algorithmic routines after the gel alignment, and the visual presentation of the results ease the interpretation of the information revealed the 2-DE images. Furthermore, the method is suitable for rapid automatic routines applied after the gel alignment, and the visual presentation of the results makes the interpretation of the information revealed by the 2-DE images easier for the reseracher.
Referanse Færgestad, E.M., Rye, M., Walczak, B., Gidskehaug, L.H., Grove, H., Jia, X., Hollung, K., Indahl, U.G., Westad, F., van den Berg, F., Wold, J.P., Martens, H. 2007. PNM-hased analysis of multiple images for the identification changes: A novel approach applied to unravel proteome patters of 2-D electrophoresis gel images. Proteomics, Vol 7, pp 3450-3461.
Utgiver Proteomics,

Relaterte personer