Vitenskapelige artikler m/referee

Parameter estimation in biochemical systems models with alternating regression.

Ved hjelp av matematisk modellering av tidsserier av metabolitters konsentrasjoner målt i cellesystemer er det mulig å avdekke mange detaljer om reguleringen av metabolismen. For eksempel kan man ved hjelp av det såkalte S-systemet av differential-ligninger studere positive og negative reguleringsmekanismer. Men parameter-estimeringen er flaskehalsen i slik beregningsanalyse av biologiske systemer. Derfor er det viktig å utvikle estimeringsmetoder som er mer effektive, raskere og mer skalerbare.

Vi viser her at Alternerende Regresjon (AR), anvendt på S-systemmodeller og kombinert med metoder for dekopling av systemer av differential-ligninger, gir en rask, ny metodikk for parameter-identifikasjon.

På sikt vil denne teknikken kunne brukes når man skal detaljmodellere cellesystemers dynamikk ved hjelp av målinger med Matforsks mange-kanals fenotypiske målingteknikker (FTIR, proteomikk, billedanalyse osv).

Nøkkeldata

Årstall 2006
Abstract The estimation of parameter values continues to be the bottleneck of the computational analysis of biological systems. It is therefore necessary to develop improved methods that are effective, fast and scalable. We show here that Alternating regression (AR), applied to S-system models and combined with methods for decoupling systems of differential equations, provides a fast new tool for identifying parameters.
Referanse Chou, I.C. , Martens, H., Voit, E.O. 2006. Parameter estimation in biochemical systems models with alternating regression. Theoretical Biology and Medical Modelling, Vol 3, Issue 1,, pp 1-11.
Utgiver Theoretical Biology and Medical Modelling,

Relaterte personer

  • Harald Martens

    Seniorforsker

    Tlf: +47 64970291

    Mobil: +47 950 75 025